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El origen de su denominación se remonta a los tiempos de la invasión romana, su nombre es precisamente Cabezón, una medida romana, que dicho imperio utilizaba para la compra y venta de la sal. Posteriormente, al nombre de Cabezón se le dio el apellido de la Sal, por ser esta su principal riqueza. Además de la Conquista e invasión de los romanos y los galos, también los moros se apoderaron de sus tierras, aunque en este caso, fue rescatada por Don Alfonso el Casto, intervienen además Pedro I de Castilla (en el 914) y su hermano Enrique II.
Más adelante, en el año 1497, los Reyes Católicos, muy agradecidos por la cooperación terrestre y marítima recibida de los cántabros en la toma de Málaga y Granada, dieron a Cabezón de la Sal, el título de "Villa de Fuero Real", privilegio que fue confirmado más tarde por el Rey Felipe V.
Pero Cabezón de la Sal no solamente será una Villa, sino también un distrito "alfoz", "territorio", "aldea" o "valle", según se documenta ya en el 817, y perdura hasta la época constitucional. El principal interés histórico viene dado, como ya se ha reflejado anteriormente, por la explotación de los pozos de sal, en Cabezón, en Vernejo y Carrejo, que con las desembocaduras del Besaya y Pas, eran los núcleos salineros principales de Cantabria.
El poder económico de las salinas, vincula sus derechos de explotación a la Abadía de Santillana del Mar, así como numerosas propiedades patrimoniales (tierras, aguas, molinos, etc).
A partir del siglo XIV coincidiendo con el declive del abadengo, el territorio entra en el dominio de los Mendoza, hasta el final del Pleito de los Valles. Constituyendo Cabezón uno de los "Nueve Valles de las Asturias de Santillana" que forman cuerpo de provincia desde fines del S. XVII y que generan la provincia de Cantabria en el S. XVIII.
Si excluimos la sal, que como hemos manifestado fue el elemento definidor de la villa, existen cinco bienes económicos importantes para la vida de los habitantes de Cabezón de la Sal; los cereales, el vino, la ganadería, el aprovechamiento forestal y los productos artesanales. La situación económica, se beneficia claramente en todas las áreas, dada la situación geográfica de la villa, por la que pasa el viejo camino hacia las Asturias de Oviedo y la vía desde Castilla y Campóo hacia el Cantábrico, esta última fue uno de los caminos de la primera repoblación de la Castilla altomedieval hoy "Ruta de los Foramontamos". Y así junto a los labradores y jornaleros leñeros, se asentarían personas con otros oficios y dedicaciones como zapateros, arrieros, canteros y herreros, principalmente.
La creación de los ayuntamientos constitucionales, separó la capital y algunos de los lugares del viejo valle de las restantes aldeas orientales, que se agruparían en el municipio de Mazcuerras. Los usos y costumbres inmemoriales de la comunidad de pastos, se mantuvieron con la Hermandad de Campóo Suso, y la explotación de la sal, habría de llegar hasta los tiempos recientes, conjuntamente con el protagonismo de las ferias ganaderas de la comarca.
Para acabar decir que Cabezón de la Sal, ha sido considerada como una de las siete Villas de nuestro territorio regional, que con mayor entusiasmo ha sabido guardar las tradiciones de Cantabria; y así dentro del aspecto cultural y folclórico, es la Villa, por excelencia, que desde siempre ha llevado su gente todas las manifestaciones de la Región.
Como reflejo de la defensa de sus intereses, el Pleno de este Ayuntamiento en sesión de 30 de Abril de 1979, fue el primero en solicitar y promover la autonomía para Cantabria.
Uno de los personajes que mas se preocupó por la cultura y educación de Cabezón de la Sal y su comarca fue D. Pedro Igareda Balbas (1.820 - 1.883). Nació en Santibañez y falleció a los 62 años en Cádiz, ciudad dónde vivió la mayor parte de su vida, dedicado al comercio y a los negocios. Una gran parte de su fortuna se invirtió en formar a los niños y en ayudar a los ancianos y enfermos de esta comarca. Para estos últimos donó dos millones de reales para la construcción de un asilo hospital.